Μετά από αμήχανη σιωπή αρκετών ωρών και αφού είχαν ήδη σημειωθεί αντιδράσεις από τον πολιτικό κόσμο, το υπουργείο Εξωτερικών αντέδρασε με μία ανακοίνωση στην οποία αναφέρει: «Καταδικάζουμε ως οπισθοδρομική την ανακοίνωση των τουρκικών Αρχών για τον προγραμματισμό της ανάγνωσης του Κορανίου στην Αγία Σοφία στην Κωνσταντινούπολη, επ’ ευκαιρία του Ραμαζανιού.
Εμμονές, που αγγίζουν τα όρια της θρησκοληψίας, για μουσουλμανικές τελετές σε ένα μνημείο παγκόσμιας πολιτιστικής κληρονομιάς, είναι ακατανόητες και φανερώνουν έλλειψη σεβασμού και επαφής με την πραγματικότητα. Επιπλέον, τέτοιες ενέργειες δεν είναι συμβατές με σύγχρονες, δημοκρατικές και κοσμικές κοινωνίες».
Παρόλα αυτά, ο αρμόδιος Έλληνας υπουργός Νίκος Ξυδάκης δήλωσε πως δεν το θεωρεί τραγικό... Πιο συγκεκριμένα: «Δεν είναι τίποτα τραγικό, δεν είναι έλλειψη σεβασμού να διαβαστεί ένα θρησκευτικό κείμενο...Έλλειψη σεβασμού θα ήταν να γίνουν απρέπειες…».
Το υπουργείο Εξωτερικών έχει επί της ουσίας επιλέξει το ρόλο του παρατηρητή, αν όχι κάτι χειρότερο. Τόσο εμπρός στις προκλήσεις των Τούρκων που μετατρέπουν την Αγιά Σοφιά σε τζαμί, όσο και των Αλβανών που παραμονή της επίσκεψης του Νίκου Κοτζιά στα Τίρανα επαναφέρουν θέμα εμπολέμου και τσάμηδων και ενώ τους τελευταίους μήνες είναι σε εξέλιξη επιχείρηση υπαρπαγής περιουσιών των Ελλήνων της Βορείου Ηπείρου με την συνεργασία των κυβερνητικών αρχών, τηρεί σιγή.
Στην απόφαση των τουρκικών αρχών για προγραμματισμό ανάγνωσης του Κορανίου εντός της Αγιάς Σοφιάς, που τη μετατρέπει ουσιαστικά σε τζαμί, όπως σημειώνει η ΝΔ, το ελληνικό υπουργείο Εξωτερικών απάντησε με διαρροή στην οποία κάνει λόγο για “έλλειψη σεβασμού έναντι θρησκευτικών μνημείων”.