Ποινική δίωξη για το κακούργημα της κατάχρησης ανηλίκων σε ασέλγεια κατά συρροή και κατ΄ εξακολούθηση, ασκήθηκε στον ιδρυτή της «Κιβωτού του Κόσμου», πατέρα Αντώνιο.
Τον πατέρα Αντώνιο έχουν καταγγείλει για σεξουαλική κακοποίηση ένας 19χρονος πρώην τρόφιμος της «Κιβωτού του Κόσμου» και ένας 15χρονος που φιλοξενείται ακόμη σε δομή της οργάνωσης.
Σύμφωνα με την δίωξη, οι πράξεις του ιδρυτή της «Κιβωτού του Κόσμου» έλαβαν χώρα από το Σεπτέμβριο του 2020 έως τον Ιανουάριο του 2022.
Επίσης, η Εισαγγελία άσκησε δίωξη σε βαθμό πλημμελήματος στον πατέρα Αντώνιο και εφτά πρώην εργαζόμενους στην Οργάνωση, κατά περίπτωση, για τα αδικήματα της βαριάς σωματικής βλάβης ανηλίκων κατά συρροή, της επικίνδυνης σωματικής βλάβης ανηλίκων κατά συρροή, της απλής σωματικής βλάβης κατά συρροή, της απειλής σε βάρος ανηλίκων κατά συρροή, της έκθεση ανηλίκων σε κίνδυνο κατά συρροή, της ηθικής αυτουργίας σε όλες τις παραπάνω πράξεις (αφορά τον πατέρα Αντώνιο) και της συνέργειας σε απλή σωματική βλάβη κατά συρροή(αφορά έναν παιδαγωγό σε δομή της επαρχίας).
Η δικογραφία για την κακουργηματική πράξη της σεξουαλικής κακοποίησης διαβιβάστηκε ήδη στην κύρια ανάκριση ενώ το σκέλος της υπόθεσης με τα πλημμελήματα διαχωρίστηκε καθώς υπάρχει κίνδυνος παραγραφής λόγω του ότι οι πράξεις φέρονται να έχουν τελεστεί από τον Απρίλιο του 2018 έως τον Αύγουστο του 2022. Η δίκη αυτή θα εκδικαστεί από το Τριμελές Πλημμελειοδικείο Αθηνών και αναμένεται να προσδιοριστεί το αμέσως επόμενο διάστημα.
Από την έρευνα ωστόσο που διενήργησαν οι εισαγγελείς ανηλίκων προέκυψαν ενδείξεις και άλλων αξιόποινων πράξεων, μη συναφών με τις παραπάνω, που αφορούν άλλα πρόσωπα-είτε τρόφιμους σε δομές της Οργάνωσης, είτε εργαζόμενους σε αυτή. Για αυτό εξήχθησαν αντίγραφα της δικογραφίας τα οποία αποστέλλονται στις εισαγγελίες Πειραιά και Χίου για τις δικές τους ενέργειες.